Halk arasında 93 Harbi ( Rumi yıl-1293 ) olarak bilinen, 1877-1878 yıllarında yapılan Osmanlı-Rus savaşında. Tuna ( Balkan ) Cephesi ve Kafkas cephesinde Osmanlı ordusu savaşı kaybetmişti. Bu bölgede yaşayan yaklaşık bir milyon Osmanlı Türkü mülteci konumuna düşmüş ve göçe maruz kalmıştı. Kapaklı'nın kurucusu olanlar bugünkü Bulgaristan'ın Veliko Tırnova iti ile Sofya yolunun geçtiği vadideki Novoselo (Nosel), Balvan, Yemen, Selvi, Sürat, Malkoç ve Karalar köylerinden bin güçlüklerle buralara kadar gelebilmişler ve Saray, Çerkezköy (Türbedere) merkezleri ve köylerinde yerleşmişlerdir. Kapaklıpınar köyü, Osmanlı Devleti'nin o zamanki padişahı Sultan II. Abdülhamit Han döneminde Edirne Sancağı Tekfurdağı (Tekirdağ) vilayeti. Saray kazasi, Türbedere (Çerkezköy) nahiyesine bağlı olarak Ferman-ı Şahane ile Novalselo (Nosel) Yemen ve Balvan'dan göç edenler tarafindan yeni kurulan köylerden biridir. Merkezinde kaynak suyu olan bu yerin üzeri kapatılarak, kuyu haline getirilmiştir. İlk yerleşim bu kuyu etrafında başlamış ve köy adını, bu kuyudan alarak "Kapaklıpınar" köyü olmuştur. Zamanla ismi kısaca Kapaklı olarak anılmaya başlamış ve kayitlara da Kapaklı Köyü olarak geçmiştir. 

06/12/2012 tarihinde çıkan 6360 sayılı yasa ile daha önce Çerkezköy ilcesine bağlı olan Uzunhacı, Karlıköy, Bahçeağıl, Yanıkağıl ve Pınarca köylerinin ve Karaağaç Beldesinin bağlanması ile Kapaklı ilçesi kurulmuştur.